Pada zaman dahulu desa ini merupakan sebuah ladang atau tegalan yang luas ( orang jawa menyebutnya dengan “talunan” ) .
Konon ceritanya dituturkan oleh Sdr.Hadi Bawor salah satu sesepuh Karangtalun bahwa dahulu Karangtalun adalah sebuah talunan atau pekarangan yang luas, dimana sebagai ajang peperangan pada waktu zaman Belanda dan ketika peperangan berlangsung ada seseorang pejuang yang ikut perang dengan mengenakan ikat kepala ( dalam bahasa Jawa disebut iket – iketan ) yang merupakan anak buah dari Jenderal Soedirman, beliau memakai kuda sebagai kendaraan perang yang bernama Jaya Soma .
Dituturkan pula bahwa dahulu di tengah Tegalan atau talun yang luas ini terdapat Batu Karang yang besar, sehingga diambil untuk mencetuskan sebuah nama desa Karangtalun .Jadi, KARANGTALUN adalah sebuah ladang atau tegalan yang di situ terdapat sebuah batu karang.
Karangtalun diketuai atau dipimpin oleh Bapak CADIPA sebagai Kepala Desa yang pertama yaitu tahun 1873. Sampai saat ini sudah mengalami 21 kali pergantian Kepala Desa / Lurah seiring berkembangnya waktu dan peraturan yang sudah ada. Di Pemkab Cilacap, Desa Karangtalun berubah menjadi Kelurahan Karangtalun .
Sampai saat ini Batu Karang tersebut masih ada, tepatnya ditepi sungai sebelah barat Kelurahan Karangtalun dan nama kuda Jaya Soma diabadikan sebagai nama Panembahan Jaya Soma. Hingga saat ini kami belum dapat menemukan sumber / babat yang menyebutkan tahun berapa KARANGTALUN ini ada yang kami tulis merupakan resume dari cerita para sesepuh.
Demikian sejarah singkat nama Karangtalun yang dapat kami sampaikan. Kami terus berupaya menggali potensi yang dikelurahan.